文件名称:
DIETFITS_GutMicrobiotaPlasticity：来自DIETFITS研究的肠道菌群分析； 发现可塑性（可变性）对于持续减肥很重要-源码
开发工具:
文件大小: 46kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-17
详细说明：DIETFITS_GutMicrobiota可塑性
DIETFITS研究中的肠道菌群分析； 发现可塑性（可变性）对于持续减肥很重要。 可在找到《科学报告》中的手稿。
这个github项目包含Grembi，Nguyen，Haggerty，Gardner，Holmes和Parsonnet进行的DIETFITS肠道菌群研究的分析文件。
这些文件包括：
dada2_pipeline.R-此文件包含从原始FASTQ文件转到扩增子序列变异（ASV）表（类似于通用OTU表，但具有单独的未分组序列）的脚本。 该文件执行质量过滤，学习错误率，重复数据删除，样本推断，合并成对的末端读段，去除嵌合体和分类分配。
generate_phyloseq_object.rmd-在本笔记本中，我们处理DADA2扩增子读取计数管道的输出。 我们提供读取覆盖率统计信息，具有零计数或不符合要求标准的过滤器样本和序列。
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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