文件名称:
modimizer：使用新型缩减型kmer进行快速DNA读集匹配和组装的工具集-源码
开发工具:
文件大小: 67kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-16
详细说明：修改器
使用简单的kmer采样方法进行快速，节省空间的DNA读集匹配和组装的工具集。
具有精确kmer匹配的种子序列比对是DNA序列匹配和数据集分析的许多生物信息学方法的关键组成部分。 存在用于快速枚举读取集的所有kmers的工具，但是将它们全部表示在内存中的开销很大。 快速访问的自然工具是哈希表，但这可能会占用更多空间。 最近，已经引入了minhash和最小化方法，这些方法仅通过使用kmer的子集来节省速度上的空间。 对于这些方法，基于它们的哈希值相对于集合中的其他值较低（minhash）还是相对于序列窗口中的其他值最小值（最小化器）而保留kmers。 在这里，我们保留散列值为0模d（反密
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