文件名称:
metagenomome_assembly：用于元基因组装配的WDL工作流程-源码
开发工具:
文件大小: 33mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-16
详细说明：元基因组装配
WDL工作流程，用于元基因组装配
Python脚本可在非冗余基因目录和MAGS之间生成映射
WDL工作流程简介
该管道将执行；
使用Trim Galore和Kneaddata预处理读取
Megahit的元基因组学组装
基因预测
对重叠群的读取映射
使用MetaBAT2进行元基因组分级
基因组箱的质量评估
分类学分类
用CD-HIT-EST进行基因聚类
读取到基因簇的映射并计算基因计数
用法
要求
该管道使用docker映像
输入参数
工作流所需的所有输入均通过JSON文件提供，并且可以使用通过以下命令生成
java -jar womtool.jar输入工作流.wdl> inputs.json
运行管道
本地：
可以使用运行管道
java -jar cromwell.jar运行workflow.wdl -iinputs.json
产出
该管道将产生许多目录和文件
集
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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