文件名称:
safepy：功能丰富的空间分析（SAFE）的Python实现-源码
开发工具:
文件大小: 7mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-15
详细说明：介绍
SAFE（或功能丰富的空间分析）是一种自动化的网络注释算法。 给定一个生物网络和一组感兴趣的功能组或定量特征，SAFE会进行局部富集分析，以确定每个组或特征对网络中哪些区域的代表过多。 SAFE可视化网络并将检测到的富集映射到网络上。
SAFE最初是在MATLAB中实现的，并存储在 。 但是，从2017年初开始，仅出于传统目的维护MATLAB实现。 与SAFE相关的新工作正在移至Python和此存储库。
警告。 该软件包仍在开发中。 请谨慎使用。
入门
SAFE需要Python 3和extras/requirements.txt列出的一组软件包。 我们建议设置虚拟环境并通过pip安装所有必需的软件包：
cd safepy/
virtualenv -p python3.6 safepy_env
source safepy_env/bin/activate
pip install
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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