文件名称:
集合体：基于CWL的PacBio和Illumina数据自动生物信息学工作流程-源码
开发工具:
文件大小: 384kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-15
详细说明：基于CWL的工作流来组装非模型生物的单倍体/二倍体真核生物基因组
该工作流程旨在使用PacBio的长读和Illumina的短读。 该工作流程首先提取，校正，修剪和净化长阅读。 然后将去污的修剪后的读数用于组装基因组，并使用原始读数来对其进行修饰。 接下来，将Illumina的读数清洗并用于进一步抛光所得组件。 最后，使用推断的重复序列对抛光的组件进行遮罩，并消除单倍型。 该工作流程使用BioConda和DockerHub安装所需的软件，因此是完全自动化的。 除最终装配外，工作流程还会在抛光步骤之前和之后产生中间装配。 工作流遵循CWL v1.0的语法。
依存关系
程式
可以使用或实现来运行管道，而可以使用或来运行。
克伦威尔实施
参考实施
管理员必须在服务器范围内安装奇点软件包
Udocker软件包可以在本地安装
数据
安装
使用安装脚本installConda.sh安装minic
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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