开发工具:
文件大小: 865kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-13
详细说明：RNASeq-analysis-toolkit测试版
该存储库包含（希望）一个易于使用的工具来分析RNASeq数据。
依存关系
bowtie2
HTSeq
R包
DESeq2
皮尔
dplyr
分割形状
ggplot2
RColorBrewer
增强火山
该工具假定所有预处理步骤均已执行。 这包括：
质量控制
可以使用诸如fastqc 工具评估序列质量
此后，可以使用例如trimmomatic 或cutadapt
评估搁浅
我以前使用过的脚本可以在这里找到： ://rseqc.sourceforge.net/#infer-experiment-py
使用诸如领结构建类的工具构建了基因组索引
基因组注释文件（GFF）可用。
可以从NCBI获得这些文件，也可以使用rast生成GFF文件。
已经获得了所关注物种的Kegg ko编号。
可以使用BlastKOAL
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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