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上传时间: 2021-02-13
详细说明:aTRAM:目标限制自动组装方法
背景
aTRAM(“自动目标受限组装方法”)是一种迭代组装程序,它使用多种可用方法执行参考引导的本地从头组装。 它非常适合需要查询下一代序列(NGS)数据以获取基因序列的各种任务,例如系统发育组学。 该设计理念是模块化且可扩展的,迄今已支持四种新颖的装配工:天鹅绒,深渊,三位一体和黑桃。
aTRAM 2是对从(NGS)数据组装基因座的aTRAM方法的重大改进。 新代码已在Python中重新实现,短读库构造方法已彻底改头换面,从而显着提高了性能并改善了汇编。
请参考以下有关aTRAM1.0的详细信息: Allen, JM, DI Huang, QC Cronk, KP Johnson. 2015. aTRAM automated target restricted assembly method a fast method for assembling
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