文件名称:
iDRW:使用定向随机游走的基于网络的多层路径活动推断-源码
开发工具:
文件大小: 25mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-12
详细说明:灾难恢复
iDRW是一种在图上使用定向随机游走的综合路径活动推断方法。 它整合了多个基因组图谱,并使用基于途径的整合基因-基因图将它们转变为单个途径图谱。
安装
library( devtools )
install_github( " sykim122/iDRW " )
入门
1.加载iDRW软件包
library( iDRW )
试试我们的样本数据(TCGA膀胱癌数据集)和基于KEGG通路的基因-基因图
data( " data_BLCA " )
data_BLCA包含具有三个基因组图谱和临床矩阵。
exp :RNA-Seq基因表达谱
cna :CNV配置文件
meth :DNA甲基化谱
clinical :临床矩阵(7个变量- time (总生存天数), status (事件状态), age , gender , stageM , stageN , stageT )
2.获取多
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