文件名称:
MethylHMM：DNA甲基化数据的隐马尔可夫模型-源码
开发工具:
文件大小: 2mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-12
详细说明：甲基HMM
此处的代码为使用发夹硫酸氢盐PCR技术收集的双链DNA甲基化数据实现了隐马尔可夫模型（HMM）。 我们的分析将新的隐式马尔可夫模型（HMM）拟合到观察到的数据，考虑到潜在的亚硫酸氢盐转换错误，并得出对DNA甲基转移酶（例如，哺乳动物中的DNMT1，DNMT3A和DNMT3B）的加工能力和底物特异性进行量化的参数的统计估计。
参考：
Audrey Q. Fu，Diane P.Genereux，ReinhardStöger，Alice F.Burden，Charles D.Laird，Matthew Stephens（2012）从双链甲基化模式对人类DNA甲基转移酶体内性质的统计推断。 PLOS ONE 7（3），e32225。 。
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