文件名称:
metabarcoding-primer-portfolio：评价22种引物对海洋和淡水鱼类的主要条形码-源码
开发工具:
文件大小: 23mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-12
详细说明：metabarcoding-primer-portfolio
评估22种用于海洋和淡水鱼类元条形码的引物对
这些分析与手稿一起进行，以测试针对多个条形码基因中短片段（<300 bp）的引物对组合的分类学回收率和分离度。
数据
数据包括使用cutadapt，dada2的初始生物信息工作流程的输出，以及对自定义数据库进行后生搜索的爆炸式搜索。 这些文件在/data/目录中。 开始进行分析的主要数据是：
扩增子序列变异（ASV）计数表-一个R数据对象，其中包含每个引物组每个ASV的每个样品的读数计数。
ASV分类法输出-来自NCBI的与每个ASV相关的每个FASTA序列的BLAST命中列表，还包括生成ASV的引物组。
分析
在大多数情况下，分析是顺序的，并按适当的顺序编号，以生成下一组分析的依存关系。
对ASV表格进行净化后，必须先过滤BLAST的分类命中数据，然后才能合并数据并与参考池
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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