文件名称:
抗体_结构_预测：学习抗原或物种特异性旋转子的文库-源码
开发工具:
文件大小: 221kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-11
详细说明：抗体结构预测因子
这是关于什么的？
基本上，该库可用于解析PDB文件以获得结构特征。 但是它也允许准备这些功能以训练ML模型。
组织：
数据：
例如，我们选择了两种HIV gp160特异性BnAb结构。
解析器：
它读取提供的PDB字段以获取AA序列以及X，Y，Z坐标。 扭转角沿序列（phi，psi，tau，theta）计算。 由于前一个在蛋白质序列的末端不完整，并且由于后两个是在3/4 AA长窗口中计算的，因此蛋白质序列会相应地修剪。 它还获取原子特定的B因素。 序列特定的数据存储在数据帧中，其中AA ID为第一列。
数据处理：
它将生化特征添加到数据中，例如：
极性
疏水性
收费
是芳香的
化学分组（羟基和硫代）
它还允许计算数据的多项式特征（请参阅sci-kit学习文档中的多项式特征），然后根据时间步长参数对数据帧进行连接和切片：（要学习的肽长度）。 每个切片在[0,1]
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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