文件名称:
BarcodePlacer：使用BOLD数据库和系统树从条形码序列到ID种类的管道-源码
开发工具:
文件大小: 405kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-11
详细说明：条码放置器
当预期的品种ID不匹配序列相似性搜索agains的结果种/类ID这个脚本是必需的数据库。 它需要合并的条形码序列作为输入，以及预期的物种ID（EXID）和结果物种/属ID（REXID）。 使用BOLD API，它可以提取EXID和REXID的条形码数据，创建多序列比对，并构建系统发育树。 输出是该树的pdf图像，其中条形码查询的标识可以在系统发育背景下可靠地分配。
要求
python3
Mafft-
IQTree-
R-v3-
Python模块； pandas, os, glob, argparse, subprocess, ete3, Bio, joblib 。 如果您遇到任何这些错误，请在运行脚本之前使用pip安装。
用法
BarcodePlacer可以通过两种方式运行：
使用条形码结果的Excel工作表或csv文件作为输入（请参阅的Excel工作表）
python
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
相关说明
- 本站资源为会员上传分享交流与学习,如有侵犯您的权益,请联系我们删除.
- 本站是交换下载平台，提供交流渠道，下载内容来自于网络，除下载问题外，其它问题请自行百度。
- 本站已设置防盗链，请勿用迅雷、QQ旋风等多线程下载软件下载资源，下载后用WinRAR最新版进行解压.
- 如果您发现内容无法下载，请稍后再次尝试；或者到消费记录里找到下载记录反馈给我们.
- 下载后发现下载的内容跟说明不相乎，请到消费记录里找到下载记录反馈给我们，经确认后退回积分.
- 如下载前有疑问，可以通过点击"提供者"的名字，查看对方的联系方式，联系对方咨询.
