文件名称:
ImcSegmentationSnakemake-源码
开发工具:
文件大小: 5mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-11
详细说明：Snakemake中基于像素分类的异质多路复用组织图像柔性图像分割管线
该管道基于用于分割的CellProfiler （ ）和用于像素分类的Ilastik （ ）。 通过使用专门开发的imctools python软件包（ ）软件包以及自定义CellProfiler模块（ ）可以简化此过程。
该管道是在苏黎世大学的Bodenmiller实验室（ ）中开发的，用于分割高度多路复用的图像质谱分析（IMC）图像的杂音。 但是，它也已经成功地应用于其他多路复用成像方式。
找到的PDF描述了概念基础：“ Documentation / 201709_imctools_guide.pdf”。 尽管仍然有效，但描述的安装过程已过时。
用法
如果您在论文中使用此工作流程，请不要忘了引用此（原始）资源库的URL以及它的DOI（如果有）（参见上文），以感谢作者。
步骤0：安装系统要求
要运行管
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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