文件名称:
SCTransformPy：R包SCTransform的python端口：-源码
开发工具:
文件大小: 4kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-11
详细说明：SCTransformPy
这是R包的python端口。
目前，我仅将日志UMI计数用作单个潜在变量（R包中的默认变量）。 我计划允许用户定义自定义回归模型，就像在R实现中一样。
实施说明：
使用statsmodels程序包进行Poisson回归并与multiprocessing并行化。
改进的Sheather＆Jones带宽计算由KDEpy包实现。
使用MLE估计theta是从R中的theta.ml函数转换而来的。
皮尔逊残差将自动裁剪为[0, sqrt(N/30)] ，其中N是像元数。 这确保了稀疏结构保留在数据中。 实际上，当允许密集的负值时，结果不会有太大变化。
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