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cellxgene_VIP:使cellxgene能够以高分辨率SVGPNG格式生成小提琴,堆叠的小提琴,堆叠的条形图,热图,火山,嵌入,点,轨迹,密度,2D密度,sankey和双基因图。 它还执行差异基因表达分析,并提供命令行界面(CLI)
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上传时间: 2021-02-10
详细说明:cellxgene VIP释放了数百万个细胞规模的交互式可视化,绘图和分析scRNA-seq数据的全部功能
自2009年首次进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)研究以来[1],迄今已发表了1050多个scRNA-seq研究。 至少有25项研究报道了200k或更多细胞的概况[2]。 最大的scRNA-seq研究报道了250万小鼠细胞[3]。 可以预见,在scRNA-seq研究中,细胞大小将增加500k或更多。 庞大的数据量给科学家,甚至是精通计算的专家,在可视化和交互式探索这样的大数据集方面带来了挑战。
Cellxgene [4]是最近的评估中推荐的领先的开源scRNA-Seq数据可视化工具[5],它通过利用具有交互功能的现代Web技术在数百万个细胞中很好地缩放并在用户体验中获得很高的评分。 我们在一个大型的生物学家社区进行了测试,cellxgene在满足自身数据处理需求方面发挥了最
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