文件名称:
浮石：浮石：使用染色质构象和表观基因组学告知的模型进行预测-源码
开发工具:
文件大小: 6mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-10
详细说明：浮石
PUMICE（使用染色质构象和表观基因组学告知的模型进行预测）是一种工具，可创建用于转录组范围关联研究的基因表达预测模型。 具体而言，PUMICE利用组织特定的3D基因组和表观基因组数据来定义包含顺式调节变体的区域，并据此对它们进行优先排序。
入门
PUMICE需要R 4.0和几个R软件包。
先决条件
PUMICE所需的R软件包列表：optparse，data.table，tidyr，tidyverse，dplyr，IRanges，GenomicRanges，genefilter，glmnet，插入符。
工具概述
要运行PUMICE，需要两个步骤。
首先，我们需要进行嵌套交叉验证，以确定每个基因的最佳窗口类型和惩罚因子（即最小均值交叉验证误差）。 此步骤需要大量计算。 因此，我们要求用户对22种常染色体和每种窗口类型使用并行计算来运行此步骤。 用户可以使用total_file_nu
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