文件名称:
GraphUnzip：解压缩具有Hi-C数据和/或长读的装配图-源码
开发工具:
文件大小: 55kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-09
详细说明：GraphUnzip
使用Hi-C数据和/或长读来阶段化装配图。
为什么要使用GraphUnzip？
GraphUnzip以GFA格式逐步展开未GraphUnzip的装配图。 它的幼稚方法没有假设生物的倍性或杂合率，因此可用于高度杂合的基因组。
安装
GraphUnzip需要numpy和scipy，您可以使用pip install 。
用法
输入值
GraphUnzip需要完成两项工作：
的装配图和
Hi-C数据：GraphUnzip需要使用或的的稀疏联系矩阵和片段列表
长读（以的GAF格式映射到GFA）
选件
python3 main.py --help
usage: main.py [-h] -g GFA [-o OUTPUT] [-fo FASTA_OUTPUT] [-A ACCEPTED]
[-R REJECTED] [-s STEPS] [-m
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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