文件名称:
generalized_tempering：广义串行模拟回火-OpenMM中任何集体变量的自由能-源码
开发工具:
文件大小: 1mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-09
详细说明：generalized_tempering
广义串行模拟回火（GSST）-增强了采样范围，可灵活配置或React势能范围。
介绍
OpenMM 脚本允许您将温度调节添加到OpenMM仿真中。 它结合了两种不错的方法：
Wang-Landau算法（ ）估算选定温度之间的权重-等于自由能
“地铁独立抽样”（ ），可提高整个温度范围内的勘探效率
回火的概念不仅限于温度。 例如，溶质与溶剂的相互作用可以按比例缩放（ ），这基本上是REST的串行版本（带有溶质回火的副本交换）。 如在“通用REST”（ ）上下文中所描述的，这扩展到调节势能函数的任何部分，无论是未键合，键合还是两者的某种组合。
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