文件名称:
QCovid：提交给ENA的sars-cov-2序列+共识的QC管道-源码
开发工具:
文件大小: 898kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-08
详细说明：QCovid
提交给ENA的SARS-CoV-2测序和装配数据的QC管道。
该代码的作用是什么？
提供有关参考基因组中是否覆盖的基本QC信息。 提供共识程序集的掩码，显示大多数读取支持哪些碱基（比例是一个参数）
因此，处理分为两个流
对于每个样品，图谱读取到不具有读取支持的参考和标记位置。如果用户提供了所用引物组的信息，则可用来推断哪些扩增子丢失。 如果用户未提供引物信息，则一般的伪引物窗口是整个基因组的图块，我们将测量哪些已被丢弃。
根据共识程序集，map读取到没有读取支持的共识和掩码位置
写入所有SQL数据的数据库，包括掩码。
该存储库包括用于管理这些质量控制结果数据库的工具。
输出到底是什么
参见output / spec.md文件
用法
有关完整的详细信息，请参见qcovid.py --help
初始化QC数据库实例
QCovid使用SQLalchemy ORM。 通常，
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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