文件名称:
ImcSegmentationPipeline：基于像素分类的多路图像分割管线-源码
开发工具:
文件大小: 5mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-06
详细说明：基于像素分类的异质多路复用组织图像的灵活图像分割管线
介绍
该管道基于用于分割的CellProfiler（ ，已测试v4.0.6）和用于像素分类的Ilastik（ ，已测试v1.3.5）。 通过使用专门开发的imctools python软件包（ ，> v2.1）以及自定义CellProfiler模块（ ，版本v4）可以简化此过程.2.1）。
该存储库通过分步说明展示了工作流的基础。 要运行更自动化的程序，我们建议使用Snakemake实现： :
该管道是在苏黎世大学的Bodenmiller实验室（ ）中开发的，用于分割数百个高度复用的成像质量细胞计数（IMC）图像。 但是，
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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