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UMICollapse：使用唯一分子标识符（UMI）加速读取的重复数据删除和折叠过程。 经过高度优化，可扩展性比以前的工具快几个数量级-源码
开发工具:
文件大小: 141kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-05
详细说明：崩溃
使用唯一分子标识符（UMI）加速读取的重复数据删除和折叠过程。
UMI是识别由PCR扩增引起的重复DNA / RNA读数的流行方法。 这需要使用相同的UMI折叠重复读段的软件，同时还要考虑测序/ PCR错误。 该工具实现了许多有效的算法，与以前的工具（UMI工具等）相比，UMI重复数据删除的数量级更快。 这是通过使用具有n-gram和BK树的更快的数据结构以及经过精心实施以很好地扩展到更大的数据集和更长的UMI的其他技术来实现的。 UMICollapse的用户报告说，从使用以前的工具运行要花费数小时或数天，到使用实际数据集使用该工具只需花费几分钟，都可以使速度加快！
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