文件名称:
mosdepth：用于WGS，外显子组或靶向测序的快速BAMCRAM深度计算-源码
开发工具:
文件大小: 1mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-03
详细说明：快速的BAM / CRAM深度计算的WGS ，外显子组或靶向测序。
mosdepth可以输出：
每个碱基的深度约为快速samtools depth 2 samtools depth -30倍基因组的CPU时间约为25分钟。
给定窗口大小的平均每个窗口深度-用于CNV调用。
给定区域的BED文件的平均每个区域。
给定窗口大小的平均或中位数每区域累积覆盖率直方图
每个染色体和全基因组的指定阈值以上的碱基所占比例的分布。
合并相邻碱基的量化输出，只要它们落入相同的覆盖区域即可，例如（10-20）
阈值输出，以指示在给定阈值下每个区域覆盖了多少个碱基。
每个染色体以及每个染色体指定区域内的平均深度的摘要。
文件（比bigwig更好）。
在适当的情况下，将输出文件进行bgzip压缩并建立索引以便于使用。
用法
mosdepth 0.3.0
Usage: mosdepth [options]
Arguments:
outputs: `{prefix}.mosdepth.global.dist.t
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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