文件名称:
ngless：NGLess：NGS工作量少-源码
开发工具:
文件大小: 6mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-02
详细说明：NGLess：NGS处理工作量少
Ngless是用于NGS（下一代测序数据）处理的特定领域语言。
如有疑问和讨论，请使用。
如果您使用的是NGLess，请引用：
NG-元分析器：使用NGLess，路易斯佩德罗科埃略，雷纳托阿尔维斯，圣保罗蒙泰罗，海梅韦尔塔-CEPAS，安娜特雷莎弗雷塔斯一个域特定语言宏基因组的快速处理，皮尔·博克，微生物组（2019）
例
ngless "1.0"
input = fastq(['ctrl1.fq','ctrl2.fq','stim1.fq','stim2.fq'])
input = preprocess(input) using |read|:
read = read[5:]
read = substrim(read, min_quality=26)
if len(read) < 31:
discard
mapped = map(input,
reference='hg19')
write(count(mapped, features=['gene']),
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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