文件名称:
viralrecon：汇编和宿主内低频变体，需要病毒样品-源码
开发工具:
文件大小: 1mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-02
详细说明：介绍
nfcore / viralrecon是一种生物信息学分析管道，用于执行组装和宿主内/低频变异检测病毒样品。 该管道支持散弹枪（例如，直接从临床样品直接测序）和基于富集的文库制备方法（例如，基于扩增子的；或基于探针捕获）的短读Illumina测序数据。
该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有Docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。 此外，使用AWS云在完整数据集上运行管道的自动化连续集成测试可确保代码稳定。
管道摘要
通过SRA，ENA或GEO ID下载示例（ ， ；如果需要）
合并重新排序的FastQ文件（
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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