文件名称:
cLoops：用于3D基因组数据的准确而灵活的循环调用工具-源码
开发工具:
文件大小: 4mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-02-01
详细说明：cLoops：ChIA-PET，Hi-C，HiChIP和Trac循环的循环调用
介绍
染色体构象捕获（3C）衍生的高通量测序方法（例如ChIA-PET，HiChIP和Hi-C）提供了染色质组织的全基因组视图。 从这些数据中可以检测到跨越数百千碱基的调节元素相互作用形成的精细环。 在这里，我们介绍了cLoops（“查看循环”），这是一种用于ChIA-PET，HiChIP和高分辨率Hi-C数据的通用循环调用工具。 配对末端标签（PET）首先使用优化的无监督聚类算法分类为自连接和连接间聚类。 然后使用置换的局部背景估计连接簇的重要性。
如果您发现cLoops有用，请在github上给我们加星号，并引用我们的文章：
官方版本：曹亚强，陈兆雄，陈兴伟，艾道生艾，郭国瑜，约瑟夫·麦克德莫特，黄奕，郭晓晓，韩京东，使用循环的精确循环调用3D基因组数据，生物信息学，btz651，
bioRxiv的预印本：曹亚强，陈兴伟，艾道生艾，赵兆雄，陈国宇，约瑟夫·麦克德莫特，黄奕，Jing-Dong J. Han（2018年），“通过循环精确地调用3D基因组数据” bioRxiv 465849； doi
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