文件名称:
sentieon-as-pipeline:将前哨DNA分析作为O2管线运行-源码
开发工具:
文件大小: 4kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-04-01
详细说明：作为管道的哨兵
将前哨DNA分析作为O2管线运行
设置
。
跑步
设置所需的变量并作为管道运行：
ref_dir=/somewhere/hg38
senteion_dir=/somewhere/sentieon
license=$senteion_dir/Harvard_Medical_School_DBMI_eval.lic
installed=$senteion_dir/sentieon-genomics-202010.01
out_dir=/somwhere/1234567
fq1=PID1234567_1.fq.gz
fq2=PID1234567_2.fq.gz
runAsPipeline "sentieon_pipeline.sh -r $ref_dir -1 $out_dir/$fq1 -2 $out_dir/$fq2 -o $out_dir -l $license -i $
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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