文件名称:
Frontiers_Micro_salmonella_infantis_newport_typhimurium_genomics:肠道沙门氏菌谱系I的三种血清型的人群基因组计划-源码
开发工具:
文件大小: 176kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-04-01
详细说明：项目
肠道沙门氏菌谱系I-> Infantis，Newport和Typhimurium的三种血清型的种群基因组计划。
目标
对公开可用的基因组数据集进行启发式挖掘以实现以下目标：
使用基于层次的种群结构分析来映射全基因组以进行基因座发现和性状预测
在每个血清群中鉴定新的隐藏变体或潜在的生态型
方法
计算平台ProkEvo用于处理末端成对的Illumina原始序列，以产生以下输出：核心基因组比对，BAPS，MLST，SISTR，AMR定位，质粒鉴定和全基因组注释。 FasTree用于构建核心基因组系统发育。 使用核心基因组信息作为输入，使用AKronyMer构建细菌基因组之间的成对距离矩阵。 关于Akronymer的更多信息可以在这里找到（ ）。 在此处（）中提供了ProkEvo中设置的参数。 所有数据挖掘和静态建模都是使用自定义R和python脚本完成的。
结果
这是这项工作的两个主要
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