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文件大小: 323kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-31
详细说明：VCF到FHIR转换器
介绍
VCF格式的文件是下一代测序的通用语言，而正在成为电子病历互操作性的标准语言。 基于，越来越多的临床基因组学应用正在涌现。 在这里，我们提供了一个开放源代码实用程序，用于将变体从VCF格式转换为HL7 FHIR Genomics格式。 转换逻辑的详细信息在。 其他信息和案例研究在我们的中进行了。 从概念上讲，该实用程序将VCF作为输入并输出。
安装
在安装vcf2fhir之前，您需要安装cython和wheel。
pip install cython wheel
现在，从pip安装vcf2fhir二进制文件。
pip install vcf2fhir
快速范例
（一些示例VCF文件在）
>> > import vcf2fhir
>> > vcf_fhir_converter = vcf2fhir . Converter ( 'sample.vcf' ,
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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