开发工具:
文件大小: 70mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-30
详细说明:套房
该软件包包含以下工具:
PPalign对齐Potts模型和相应的序列/比对
MakePotts通过序列或MSA构建Potts模型(输出是一个文件夹,其中还包含模型与MSA /序列文件之间的位置匹配)
VizPotts允许您可视化推断的Potts模型
VizContacts允许您可视化推断的Potts模型的前N个耦合,以及这些耦合是否为3D结构中的接触。 借助Circos,您可以将它们可视化为圆形,或者使用PyMOL在PDB结构上可视化。
要求
必要的要求
PPalign是使用Python3.6开发的,并且需要以下软件包,这些软件包通常会由setup.py自动安装(开发PPalign的版本):
numpy的(1.16.2)
熊猫(0.23.4)
生物蟒(1.73)
msgpack(0.6.1)
scipy(1.2.1)
matplotlib(2.0.0)
seabor
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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