开发工具:
文件大小: 70mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-30
详细说明：套房
该软件包包含以下工具：
PPalign对齐Potts模型和相应的序列/比对
MakePotts通过序列或MSA构建Potts模型（输出是一个文件夹，其中还包含模型与MSA /序列文件之间的位置匹配）
VizPotts允许您可视化推断的Potts模型
VizContacts允许您可视化推断的Potts模型的前N个耦合，以及这些耦合是否为3D结构中的接触。 借助Circos，您可以将它们可视化为圆形，或者使用PyMOL在PDB结构上可视化。
要求
必要的要求
PPalign是使用Python3.6开发的，并且需要以下软件包，这些软件包通常会由setup.py自动安装（开发PPalign的版本）：
numpy的（1.16.2）
熊猫（0.23.4）
生物蟒（1.73）
msgpack（0.6.1）
scipy（1.2.1）
matplotlib（2.0.0）
seabor
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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