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文件大小: 572kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-30
详细说明:双倍
(a)大多数单细胞测序技术的第一步涉及细胞捕获,其目标是将单个细胞封装成液滴(称为单峰) 。 但是,此过程中的错误可能会导致三种类型的双峰-新型双峰,嵌套双峰和selflets 。 (b)在每个分离的液滴的细胞经历我全基因组扩增和测序独立。 这些过程会引入错误,例如等位基因缺失和扩增不平衡。 (c)所得到的比对读取用于变体调用,从而在每个感兴趣的基因座j处产生交替的v_ {i,j}和总c_ {i,j}个读取计数。 (d)doubletD使用观察到的变异等位基因频率v_ {i,j} / c_ {i,j}作为关键信号,同时考虑了测序和扩增错误以检测样品中的双峰。
内容
先决条件
python3(> = 3.6)
使用说明
I / O格式
doubletD的输入是基于文本的文本,其中包含两个以逗号分隔的输入数据帧-一个包含总读取计数,另一个包含备用读取计数。 对于这两个文件,每一行都是不
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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