文件名称:
pb-metagenomics-tools:pb-metagenomics-tools-源码
开发工具:
文件大小: 299kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-30
详细说明：PB-元基因组学工具
欢迎！ 在这里，您可以找到各种适合使用PacBio HiFi Reads进行宏基因组学的工具和管道。 除了当前可用的资源之外，我们将在开发新工具时继续添加新工具。
可用管道
：（以前称为Genome-Binning-Pipeline ）从HiFi宏基因组学组件中识别高质量的MAG。 简化的工作流程包括minimap2，MetaBAT2，CheckM和GTDB-Tk的步骤。 输出高质量的MAG序列和关联的元数据。
：为了进行分类学和功能分析，HiFi使用DIAMOND读取到蛋白质数据库并为MEGAN6准备输入。 提供对分类学分析（NCBI和GTDB）的访问，并允许基于来自多个数据库（EC，SEED，InterPro2GO，eggNOG）的注释进行功能分析。 是分析宏基因组样本的理想选择，但也可用于鉴定和表征非宏基因组数据集（例如植物/动物基因组测序项目）中存在的微生
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