文件名称:
smallRNA-polymRNA:小RNA和多核糖体测序数据的处理和分析-源码
开发工具:
文件大小: 8mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-29
详细说明：smallRNA-多核糖体序列
用于处理和分析小RNA和多核糖体测序数据的脚本。 使用WBcel235进行注释。
依存关系
fastQC（v0.11.9）
cutadapt（v2.10）
领结2（v2.3.4.3）
samtools（v1.11）
miRDeep2（v2.0.1.2）
FeatureCounts（Subread，v2.0.0）
edgeR（v3.11）
生物基质（v2.46.0）
HISAT2（v2.10）
管道
小RNA序列
秀丽隐杆线虫基因组注释： C.elegans.WBCel235.96.gtf.gz 秀丽隐杆线虫参考基因组： : 成熟的秀丽隐杆线虫miRNA： : cel
fastQC（1）.sh ：读取质量的初步评估
cutadapt（1）.sh ：删除序列适配器
fastQC（1）.sh ：评估适配器移除后的读取质量
bowtie2.
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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