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上传时间: 2021-03-28
详细说明：noisyR ：通过表征随机技术噪声来增强测序数据集中的生物信号
高通量测序可实现转录物定量的前所未有的分辨率，但代价是要放大技术噪音的影响。 持续降低随机背景噪声以捕获对功能有意义的生物信号仍然具有挑战性。 引入低水平表达变异的内在测序变异会掩盖下游分析中的模式。
noisyR软件包包括一个端到端流水线，用于量化和消除HTS数据集中的技术噪声。 流水线的三个主要步骤是[i]样本间的相似度计算，[ii]噪声量化和[iii]噪声消除； 每个步骤都可以使用超参数进行微调； 还确定了这些参数的最佳数据驱动值。
预印本： :
噪声管道的工作流程图
样本间的相似度计算
对于样本相似度计算，有两种方法可用：
计数矩阵方法使用对齐和特征量化后提供的原始，未归一化的表达矩阵； 每个样本都单独处理，仅比较样本之间的相对表达。 依靠大多数基因不是DE的假设，大多数评估预计将指向样本之间的高度相似性
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