文件名称:
snakemake-amplicon-metagenomics:使用Snakemake工作流程管理工具创建的命令行生物信息学工作流程-源码
开发工具:
文件大小: 10kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-27
详细说明：扩增子元基因组工作流程
更新：2021年3月，不再支持管道，因为QIIME在2.0版本中可用，并且不再支持1.9。
概要
该工作流程描述了一系列执行步骤，这些步骤是从样品的扩增子测序结果中提取的原始fastq文件获取到OTU表的，描述了所分析样品的分类学确定摘要。 它使用Snakemake工作流管理系统在Linux命令行上执行。
工作流程
输入文件的质量控制
修剪输入文件
修剪文件的质量控制
加入前转和引荐序列
连接序列的质量控制
簇序列
选择代表性序列
检测并删除嵌合代表序列/簇
分类分类
创建OTU表
设置
创建包含输入数据的目录。 这应该是成对的照明顺序。 这可以是指向文件系统上其他位置的数据的符号链接目录。
在config.yaml文件中：
验证工作目录，这是管道输出的位置
验证输入目录，可以是绝对路径，也可以是相对于工作目录的路径
验证参考Fasta和分类法，这可以是绝对路径
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
相关说明
- 本站资源为会员上传分享交流与学习,如有侵犯您的权益,请联系我们删除.
- 本站是交换下载平台，提供交流渠道，下载内容来自于网络，除下载问题外，其它问题请自行百度。
- 本站已设置防盗链，请勿用迅雷、QQ旋风等多线程下载软件下载资源，下载后用WinRAR最新版进行解压.
- 如果您发现内容无法下载，请稍后再次尝试；或者到消费记录里找到下载记录反馈给我们.
- 下载后发现下载的内容跟说明不相乎，请到消费记录里找到下载记录反馈给我们，经确认后退回积分.
- 如下载前有疑问，可以通过点击"提供者"的名字，查看对方的联系方式，联系对方咨询.
相关搜索:
