文件名称:
TCGApackages0226-源码
开发工具:
文件大小: 15mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-21
详细说明：TCGA封装0226
该软件包是为TCGA数据分析开发的，目前包括以下7个步骤：
获取数据
自动下载相应的RNAseq计数文件（已压缩）
解压缩数据
解压缩那些下载的压缩文件
generateMatrix
将这些单独的文件合并到一个基因表达矩阵中，该矩阵的行名是基因，同名是样本。通常，此步骤将花费大量资源进行竞争
元注释
获取样本的组信息，例如肿瘤或成对的正常
corSample
根据所有基因的表达计算样品的相关性和PCA
数码相机
应用DESeq2计算组之间的不同表达基因（DEG）
DEGsVisualization
根据pvalue和log2foldchange的阈值，通过热图，火山等可视化DEG。
DEGsGeneSymbol
从ENSEMBLE ID转换为Gene Symbol
tcga浓缩
进行浓缩分析，包括GO和KEGG。同时，通过点和小节可视化这些结果
tcgaClin
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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