Proteome Research 1 Ten Years of the Proteome . .

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详细说明： 1 Ten Years of the Proteome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 M ARC R. WILKINS AND RON D. APPEL 1.1 Introduction to the Proteome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 .1.1 What’s in a Word? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.1.2 Could Things Have Been Different? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.2 Proteomics Is Technology-Driven . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.2.1 Protein Separations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.2.2 Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 1.2.3 Making Sense of All the Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 1.3 What Has Proteomics Delivered? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 1.4 What Still Eludes Us? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 1.5 This Book and Some Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .11 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .11 2 Sample Preparation and Prefractionation Techniques for Electrophoresis-Based Proteomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .15 B EN R. HERBERT, PIER GIORGIO RIGHETTI, ATTILIO CITTERIO, AND EGISTO BOSCHETTI 2.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .15 2.2 Conventional Sample Preparation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .16 2.3 Artefacts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .18 2.3.1 Cysteine Chemistry – Reduction and Alkylation . . . . . . . . . . . . . . .18 2.3.2 Cysteine Chemistry – β-Elimination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .19 2.3.3 Lysine Chemistry – Carbamylation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .20 2.4 Multiplexed Approaches to Proteomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .22 2.5 Prefractionation Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .24 2.5.1 Fractional Centrifugation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .24 2.5.2 Chromatographic Techniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .25 2.5.2.1 General Chromatographic Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . .25 2.5.2.2 Sample Fractionation with Stacked Sorbents . . . . . . . . . .26 2.5.3 Electrophoresis-Based Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .26 2.5.3.1 Continuous Electrophoresis in Free Liquid Films . . . . . .27 2.5.3.2 Rotationally Stabilised Focusing Apparatus: the Rotofor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .28 2.5.3.3 Sample Prefractionation via Multicompartment Electrolysers with Isoelectric Membranes . . . . . . . . . . . . .28 2.5.3.4 Miniaturised Isoelectric Separation Devices . . . . . . . . . . .30 2.6 Other Methods for Prefractionation of Samples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .30 xviii Contents 2.6.1 Depletion of High-Abundance Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .30 2.6.2 Equaliser Beads: the Democratic Versus the Plutocratic Proteome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .31 2.7 Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .35 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .36 3 Protein Identification in Proteomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .41 P ATRICIA HERNANDEZ , PIERRE-ALAIN BINZ, AND MARC R. WILKINS 3.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .41 3.2 Attributes of Proteins Useful for Their Identification . . . . . . . . . . . . . . . . .42 3.2.1 Species of Origin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .42 3.2.2 Protein Isoelectric Point . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .42 3.2.3 Protein Mass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .42 3.2.4 Partial Sequence or Sequence Tag . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .43 3.2.5 Protein Amino Acid Composition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .43 3.3 Protein Identification by Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45 3.3.1 ‘Top-Down’ Versus ‘Bottom-Up’ Strategies for Protein Identification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45 3.3.2 Introduction to Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .47 3.3.2.1 Ionisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .47 3.3.2.2 Mass Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .48 3.3.2.3 Instrumentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .50 3.3.3 Protein Identification by Peptide Mass Fingerprinting . . . . . . . . . .51 3.3.3.1 Principle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .51 3.3.3.2 Identification and Characterisation of Modified Peptides by Peptide Mass Fingerprinting . . . . . . . . . . . . .53 3.3.3.3 Limitations of Peptide Mass Fingerprinting . . . . . . . . . . .55 3.3.4 Tandem Mass Spectrometry Based Identification . . . . . . . . . . . . . .56 3.3.4.1 Tandem Mass Spectrometry Spectra . . . . . . . . . . . . . . . . .56 3.3.4.2 The ‘Peptide Fragment Fingerprinting’ Approach . . . . . .57 3.3.4.3 De Novo Sequencing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .60 3.3.4.4 Identification and Characterisation of Peptides with Unexpected Modifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .61 3.3.4.5 Spectral Library Searches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .62 3.4 List of Tools and URLs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .65 3.5 Concluding Remarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .65 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .66 4 Quantitation in Proteomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69 G ARRY L. CORTHALS AND KEITH ROSE 4.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69 4.2 Non-mass-spectrometric Approaches to Quantitation . . . . . . . . . . . . . . . .70 4.3 Relative Quantitation by Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .74 4.3.1 Absolute or Relative Quantitation? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .76 4.3.2 Introduction of Stable Isotopes Using Chemical Tags . . . . . . . . . .76 4.3.3 Enzyme-Mediated Incorporation of Stable Isotopes . . . . . . . . . . . .80 4.3.4 Biological Incorporation of Stable Isotopes by Metabolic Labelling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .81 Contents xix 4.3.5 Relative Quantitation Without Use of Stable Isotope Labelling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82 4.3.6 Absolute Quantitation by Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . 82 4.4 Analysis of Known Post-translational Modifications . . . . . . . . . . . . . . . . 83 4.4.1 Glycosylation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 4.4.2 Phosphorylation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85 4.4.3 Ubiquitinylation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87 4.5 Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88 5 One Gene, Many Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95 N ICOLLE H. PACKER, ANDREW A. GOOLEY, AND MARC R. WILKINS 5.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95 5.2 An Overview of Modifications: What Are They and Where Do They Occur? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99 5.3 How Do We Find Post-translational Modifications? . . . . . . . . . . . . . . . . .100 5.3.1 Separation of Isoforms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .100 5.3.2 Detection of Co- and Post-translational Modifications . . . . . . . . . .102 5.3.3 Strategy for the Analysis of Modifications: Top Down Versus Bottom Up . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .103 5.3.4 Mass Spectrometry for Analysis of Co- and Post-translational Modifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .104 5.4 Analysis of Specific Modifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .105 5.4.1 Acetylation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .106 5.4.2 Phosphorylation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .106 5.4.3 Ubiquitination and Sumoylation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .107 5.4.4 Glycosylation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .107 5.5 The Function of Protein Post-translational Modifications: More Than Meets the Eye? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .109 5.6 Some Interesting Modification Stories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .111 5.6.1 The Erythropoietin Story . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .111 5.6.2 The Apolipoprotein E Story . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .113 5.6.3 The Progeria Story . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .114 5.6.4 The Influenza Story . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .115 5.7 Future Directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .116 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .116 6 Proteome Imaging . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .123 P ATRICIA M. PALAGI, DANIEL WALTHER, CATHERINE G. ZIMMERMANN-IVOL, AND RON D. APPEL 6.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .123 6.2 Image Analysis of Two-Dimensional Electrophoresis Gels . . . . . . . . . . .124 6.2.1 First Steps in Gel Image Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .125 6.2.2 Applications to Different Proteomics Approaches . . . . . . . . . . . .127 6.2.2.1 Single-Gel Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .128 6.2.2.2 Groups of Gels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .128 6.2.2.3 Two-Dimensional Difference Gel Electrophoresis . . . . .128 xx Contents 6.3 Liquid Chromatography–Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .130 6.3.1 First Steps in Liquid Chromatography–Mass Spectrometry Image Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .130 6.3.2 Applications to Different Proteomics Approaches . . . . . . . . . . . .131 6.3.2.1 Monitoring Experiments and Post-translational Modifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .131 6.3.2.2 Sample Populations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .132 6.4 The Molecular Scanner . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .134 6.5 Imaging Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .138 6.5.1 Imaging Mass Spectrometry – Technical Aspects . . . . . . . . . . . . .139 6.5.2 Imaging Mass Spectrometry – Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . .140 6.6 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .141 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .142 7 Data Integration in Proteomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .145 F RéDéRIQUE LISACEK, CHRISTINE HOOGLAND, LYDIE BOUGUELERET, AND AMOS BAIROCH 7.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .145 7.2 Integration As Gathering and Cross-Linking Information . . . . . . . . . . . .148 7.2.1 Selection of Sources and Quantification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .148 7.2.1.1 Trends in Databases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .148 7.2.1.2 Data Evolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .149 7.2.2 Biology Inspired Cross-Linking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .150 7.2.2.1 The UniProt Universal Protein Knowledgebase . . . . . . .150 7.2.2.2 Human Protein Atlas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .152 7.2.3 Integrating Elements of the Proteomics Workflow . . . . . . . . . . . .153 7.2.3.1 High-Throughput Data: Standards and Repositories . . .153 7.2.3.2 SWISS-2DPAGE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .154 7.2.3.3 PeptideAtlas and the Global Proteome Machine . . . . . .155 7.2.3.4 Other Noteworthy Efforts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .156 7.2.4 Integration As a Federated Effort . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .156 7.2.4.1 Proteomics Servers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .156 7.2.4.2 Semantic Web Approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .158 7.3 Integration As Blending of Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .159 7.3.1 Textual Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .159 7.3.2 Ontologies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .160 7.3.3 Examples of Visualisation Tools Merging Several Sources . . . . . .161 7.3.4 From Data Integration to Systems Biology . . . . . . . . . . . . . . . . . .162 7.4 Concluding Remarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .164 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .164 8 Protein–Protein Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .169 A NNE-C LAUDE GAVIN 8.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .169 8.2 Protein–Protein Interactions in Human Diseases: Altered Protein Connectivity Leads to Disorder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .170 8.3 Charting Protein–Protein Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .172 8.3.1 Characterisation of All Coding Sequences in an Organism . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .175 Contents xxi 8.3.2 Monitoring Binary Interactions: the Yeast Two-Hybrid System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .175 8.3.3 Analysis of Protein Complexes by Affinity Purification and Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .177 8.3.4 Luminescence-Based Mammalian Interactome Mapping . . . . . . .180 8.3.5 Protein Microarrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .180 8.3.6 Data Quality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .180 8.4 Biological and Biomedical Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .181 8.4.1 Charting of Diseases and Pharmacologically Relevant Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .181 8.4.2 Lessons Learned from Global Interaction Analyses in Yeast . . . .182 8.4.3 An Emerging Application: the Development of Small-Molecule Protein–Protein Interaction Inhibitors . . . . . .184 8.5 Future Directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .186 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .187 9 Biomedical Applications of Proteomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .193 J EAN-CHARLES SANCHEZ, YOHANN COUTé, LAURE ALLARD, P IERRE LESCUYER, AND DENIS F. HOCHSTRASSER 9.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .193 9.2 The Application of Proteomics to Medicine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .194 9.3 Disease Diagnosis from Body Fluids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .196 9.4 Vascular Diseases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .197 9.4.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .197 9.4.2 Application of Proteomics to Vascular Diseases and Atherosclerosis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .198 9.4.3 Application of Proteomics to Cardiovascular Diseases . . . . . . . . .199 9.4.4 Application of Proteomics to Cerebrovascular Disease . . . . . . . .200 9.4.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .201 9.5 Neurodegenerative Disorders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .202 9.5.1 Brain Proteome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .202 9.5.2 Proteomic Profiling of Neurodegenerative Disorders . . . . . . . . . .203 9.5.3 Cerebrospinal Fluid Protein Markers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .205 9.6 Proteomics and Cancer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .206 9.6.1 Biomarker Discovery in Cancer Proteomics . . . . . . . . . . . . . . . . .207 9.6.1.1 Tissues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .207 9.6.1.2 Primary and Established Cell Lines . . . . . . . . . . . . . . . . .208 9.6.2 Proteomic Profiling in Oncology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .209 9.6.2.1 Surface-Enhanced Laser Desorption/Ionisation Time-of-Flight Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . .210 9.6.2.2 Protein Microarrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .210 9.6.2.3 Tissue Profiling by Matrix-Assisted Laser Desoprtioon/Ionisation Mass Spectrometry Imaging . .210 9.6.3 Use of Proteomics To Define the Tissue of Origin . . . . . . . . . . . .211 9.6.4 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .211 9.7 Toxicopharmacology: the Example of Type 2 Diabetes . . . . . . . . . . . . . .211 9.7.1 Introduction to Diabetes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .212 9.7.2 Pathogenesis of Type 2 Diabetes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .212 xxii Contents 9.7.3 Treatments of Type 2 Diabetes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .213 9.7.4 Proteomics for the Discovery of Treatment Targets for Type 2 Diabetes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .213 9.8 Current Limitations and Future Directions of Proteomics for Medicine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .215 9.8.1 Preanalytical Issues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .215 9.8.2 Analytical Aspects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .216 9.8.3 Postanalytical Aspects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .217 9.9 Present and Future Directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .217 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .217 10 Proteomics: Where to Next? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .223 K EITH L. WILLIAMS AND DENIS F. HOCHSTRASSER 10.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .223 10.2 The Relevance of -omics to Biology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .224 10.3 Technological Developments in Proteomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .225 10.3.1 Characterising Modifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .226 10.3.2 Global Tissue Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .226 10.4 The Next Steps for Proteomics: Diagnostics and Drugs . . . . . . . . . . . .227 10.4.1 Diagnostics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .228 10.4.2 Drugs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .228 10.5 Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .229 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .229 Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .231 ...展开收缩

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