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上传时间: 2018-08-15
详细说明: 构建进化树可以用DNA序列,也可以用protein序列。一、利用phylip进行蛋白序列进化树分析步骤 1. 运行Clustalw,得到protein.phy文件; 2. 运行seqboot,输入protein.phy文件,输出protein_1.outfile。R选择1000,seed number: 3,然后选择Y。将得到的protein_1.outfile改名为protein_2.infile。 3. 运行protpars,输入protein_2.infile,输出protein_2.outfile和protein_2.outtree。J选择3(seed number),5(jumple number),M值选择D,然后输入1000 (sets)。最后选择Y。将得到的protein_2.outtree改为protein_3.intree. 4. 运行consense,输入protein_3.intree,选择Y。得到protein_3.outfile和protein_3.outtree
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