文件名称:
GSEA_Win_4.0.2-installer.exe
开发工具:
文件大小: 39mb
下载次数: 0
上传时间: 2019-10-21
详细说明： GSEA富集分析，1、准备三个文件第一行：#1.2，表示版本号，自己准备文件时照抄就行； 第二行：两个数分别表示gene NAME的数量和样本数量（矩阵列数-2）； 矩阵：第一列是NAME；第二列Description，没有的话可以全用na或任意字符串填充；后面的就是基因在不同样本中标准化后的表达数据了 （部分统计量metrics for ranking genes计算需要log转换后的数据，后面会有提及。其它情况是否为log转换的数据都可用，GSEA关注的是差异，只要可比即可）。 #其次是样品分组信息（通常用.gmt作为后缀） 第一行：三个数分别表示：34个样品，2个分组，最后一个数字1是固定的； 第二行：以#开始，tab键分割，分组信息（有几个分组便写几个 ，多个分组在比较分析时，后面需要选择待比较的任意2组）；（样品分组中NGT表示正常耐糖者，DMT表示糖尿病患者，自己使用时替换为自己的分组名字） 第三行：样本对应的组名。样本分组信息的第三行，同一组内的不同重复一定要命名为相同的名字，可以是分组的名字。例如相同处理的不同重复在自己试验记录里一般是Treat6h_1、Treat6h_2、Treat6h_3，但是在这里一定都要写成一样的值Treat6h。与表达矩阵的样品列按位置一一对应，名字相同的代表样品属于同一组。如果是样本分组信息，上图中的0和1也可以对应的写成NGT和DMT，更直观。但是，如果想把分组信息作为连续表型值对待，这里就只能提供数字。 3. 预定义基因集(gmx or gmt)——非必需文件（需要注意第一列的基因集名称必须是唯一的） 通常用.gmt作为后缀。若采用GSEA预定义的MSigDB数据库中的功能基因集分析，则无需自己定义该文件。每一行为一个功能基因集，第一列为基因集的名称，第二列为简单描述，第三列及以后列为该功能基因集所包含的基因symbol。基因集包含多少个基因，就列出多少个基因。文件以tab作为分隔符。
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