文件名称:
CRISPR Primer Designer v1.1.2 x64
开发工具:
文件大小: 201mb
下载次数: 0
上传时间: 2020-01-11
详细说明:CRISPR primer designer
本地化运行的单机版基因编辑引物设计软件、提高基因编辑特异性、自动分析Blast比对结果,直接生成最终引物,内置拟南芥和水稻基因组序列,自定义基因组后也可支持人、小鼠、果蝇、斑马鱼等多个物种的基因编辑引物设计。
简易使用教程:
第一步:把基因的 CDS 序列(注意是编码区序列)贴到框里,勾选 Local blast,点 Search PAMs
第二步,从弹出的对话框中,选择背景基因组(水稻/拟南芥,程序中内置了拟南芥和水稻的基因组序列,也可以自己上传其它物种分染色体的基因组序列),点 Blast 按钮。
系统自动执行搜索,并与背景基因组比对,等待……
提示完成后,点确定按钮
到这一步,结果基本出来了,对每一个 PAM 进行了打分,分越低的越好,没有分的PAM不建议选用,因脱靶概率比较高,这个程序算法相对严格,因此候选的PAM一般比较少。选择一个 PAM(如果不选,默认的是分数最低的那个),再选择所用的载体名称(系统内置了一些常用载体的接头序列,也可以自定义其它载体),系统就直接给出了引物序列! 拷贝过去合成,完成!
参考文献:
Yan, M., Zhou, S.-R., and Xue, H.-W. (2015). CRISPR Primer Designer: Design primers for knockout and chromosome imaging CRISPR-Cas system. Journal of integrative plant biology 57:613-617.
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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