曙光read_file.pdf派-曙光超级计算机使用手册36.2示例2:气候模式运行脚本 16 附仵

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详细说明：派-曙光超级计算机使用手册36.2示例2:气候模式运行脚本 16 附仵1:应用软件安装信息表∴…21 系统用户环境 11登录方式用户通过域名登录派曙光高性能计算机系统,业务用户和科研用户的登录域名分别为业务用户登录: 科研用户登录: 系统提供安全的协议提供用户登录服务。 1.2shel环境用户登录系统后,缺省的环境是。用户可通过命令修改环境。 [nisuserlglogin2 ]s chsh Changing NIs account information for misuser cn admin1 Please enter password: 输入用户密码 Changing login shell for nisuser1 dmin1 To accept the default, simply press return. To use the system's default shell, type the word "none Login shell [/bin/bash]:/bin/csh 输入She11路径 The login shell has been changed on admini 13用户目录用户登录系统后,缺省进入主目录般为用户名。用户数据录为系统提供作业运行临时空间每个节点都有临时空间提供用户编译等临时使用,请不要使用系统的文件系统 14修改密码川户登录后可直接使川命令修改即可 [nisuserlelogin2 -]s passwd Changing Nis account intormation for nisuserl on adminI Please enter cld password: <==输入旧留码 Changing NIs password for nisuserl cn admini Please enter new password: <==输入新密码 Please retype new password:<=重新输入新面貌 The NIs password has been changed on admin1 15查看用户限额用户登录后可直接使用命令查看文件系统使用情况 09*]quotairfo cur ulO(1050603) gd(1~506) dir Size(GB) Used(GB) Avail(GB) Use /g1 5.00 0.74 14.80 QUOTATYPE ESUSER 10240.00 0.00 10240.00 0.00 QUOTATYPE FSUSER 16应用软件应用软件主要包括编译器、调试器、并行开发环境及数学库等四部分,应用软件安装信息详见附件所小。用户默认已加载编译器画图库集群其余软件加载可使川工具管理环境变量,设置某软件的环境变量只需要使用命令加毂相应环境变量即可。例如,加载库,输入命令 mathlib/hdf5/1.12/intel 4 2编译环境目前,派曙光高性能计算机系统上安装了三套编译器, 开源编译器和商业版编译器。三套编译器的环境变量默认都已经设置,默认普通用户均已加载,可直接使用: 编译器安装路径: 编译器安装路径: compiler/intel 编译器安裝路径: compiler/pgi 表1常用编译器编译命令「编译器常见源代码文件后缀编译器编译器编译编译查看编译器安装路径和版本 [rootalogin2 ]# which gcc /usr/bin/gcc [rootlogin w]# gcc --version [rootlogin w]# which icc [rootlogin w]# icc -V [x。ot1。gin2~]# which pgcc [rootlogin ] pgcc --version 2.1编译串行程序以编译器为例,介绍一般程序编译的方法。表2串行程序编译方法晋言编译器‖文件扩展名编译示例语言编译示例: # icc -xhost-02-o prog exe prog.c 5 语言编详小例: ifort -host -02 -o prog. exe prog. f90 其中, 为优化选项,指定可执行文件名(如果不指定该选项,可执行文件默认为), 为源代码文件名;选项顺序不分先后关于更详细的编译器使用方法,可以查看命令帮助或者编译器用户手册 icc --help icpc --help fort --help s man icc man icpc t man ifort 22编译 OpenMP并行程序是随着多核处理器技术发展起来的一种并行计算模式,采用多线程在单节点共享内存中做并行计算。目前多数编译器都支持模式,但选项不同。表3 openmp编译选项编译器选项语言程序编译示例 icc -openmp -xhost -02 -o prog_mp. exe prog.C 23编译MP并行程序集群目前已安装应用较广泛的实现包括开源的及商业的。安装路径均在下,加载方式为本集群使用作为基本的并行开发环境,并与集群的作业调度系统集成系统目前使用目录下的作为默认的廾发运行环境,默认普通用户已加载环境变量,用户可以直接使川提供的编译命令和并行运行命令,无须单独配置环境变量 temPl提供了非常完整的MP编译器,如表4所示 6 表4mpi编译器命令编译器编译器说明使用编译话言使用编译语言使用编译使用编译使用 i译语言使用编译语言,推荐使用使用编译语言,推荐使用使用编译语言,推荐使用可通过mpic-show来查看具体的编译器信息 s mpiicc -show 编译小例: mpiicc -o hellohello. c 2.4常用编译选项 fast:最大化整个程序的速度,相当」:-ipo,-03,-no-prec-diν,- static,和- xHost。这里是所谓的最大化,还是需要结合程序本身使用合适的选项 XCORE-AVX512 purely平台建议使用AWX512指令集 -ip:在单个文件中进行过程间优化( Interprocedural10 ptimizationsIPO) openmp:编译 OpenMP程序,注意:只能在同一个节点的CPU上跑 OpenMP程序 0<级别>:设定优化级别,默认为02,0与02相同,推荐使用。03为在02基础之上增加更激过的优化,比如包含循环和内存读取转换和预取等,但在有些情况下速度反而慢,建议在具有大量浮点计算和大数据处理的循环时的程序使用 0fast:设置某些激进参数优化程序讷度,相当于:-03-no-prec-div ·-m32和-m64:指定生成为IA32或Inte164架构的代码 L<库目录>:指明库的搜索路径 ·-1<库文件>:指明需链接的库名,如库名为1 ibxyz.a,则可用-1xyz指定 shared:产生共享目标而不是可执行文件,必须在编译每个目标文件时使用-fpic选项 fpi、-印PIC和-fno-pic:是香生成位置无关代码。当生成共享代码时,必须添加静态链接所有库 check[ keyword[, keyword.]和- nocheck:是香对某些条件进行检查, keyword可以为:none、[no] arg temp created、[no] assume、[no] bounds、[no] format [no] output_ conversion、[no] pointers、[no] stack、[ no ]uninit、a11 extend-so ze]:指明固定格式的 Fortran源代码宽度,size可为72、8和 132。也可直接用-72、-80和-132指定,默认为72字符 ·-千ixed:指明 Fortran源代码为固定格式,默认由文件后缀决定类別 free:指明 Fortran源程序为自由格式,默认由文件后缀决定类别 al1ign和- malign:数据是否自然对齐 convert[关键字]:转换无格式数据的类型,比如关键字为 big endian和1 ittle endian 时,分别表示无格式的输入输出为big_ endian和1 ittle endian格式,更多格式类型请看编译尜手册- check- pointers= keyword:是含检査使用指针访问内存时的数组边界。 keyword可以为none、rw和 write ·- mcmodel= mem model:设定内存模型。 mem model可为:sma11:艮制代码和数据在开始的2GB地址空间,默认 medium:限制代码在开始的2GB空间,存储数据空间不受此限制 large:对」代杩和数据存储空间都无限制 25常用调试选项「>GDB命令行调试工具,编泽时添加-g选项串行程序: gdb ./aout MPI程序( intelmpi+gdb) mpirun -gdb -n 4./ testc mpirun -n 4-gdba Totalview Debugger export ToTALVIEW=$INSTALL DIR mpirun -tv -n 4./testc I MPI DEBUG设置值越大,输出信息越详细,范围为(8-1888) mpirun -genv I MPI_ DEBUG 5 -n 8./my application itac mpirun trace -n 128-hostfile nodelist n8-ppn 16 ./ccsm. exe 图形界面查看结果:( ssh -x host) Source /public/software/compiler/intel/parallel studio xe_2015_update2/itac/9.0.3.0 49/bin/itacvars sh intel64 traceanalyzer 8 3作业调度软件 31查询队列信息— sinfo 使用命令查询队列信息,示例如下。根据命令输出,作业调度软件共有等个队列,并可看到每个队列可访问的空闲节点数量、名称 Twanggjeadminl v]s sinfo PARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST silicon x 103-00:00:C0 5dain*t[0106,0109,0213,1016,2117 silicon 1o3-C0:00:00 16 down x t[C319,1116,1202,131Ax131E,2014,220B,230A,2310x2314] silicon* 13-C0:00:C0 2 drng t[0202:130E si1icon大 103-C0:00:C0 2 drain t[1019,101B silicon u03-00:00:C0162a11o t[C010,0017,0100x0101,0111x0112,0119x0219,0200x0201;0203,0206×0209,0214 x1318,021Ax021E,0303x030c,030Ex031E,C310x1311,0314x031B,031D,1000x1004, 015,1017x1118,101Ax121A,101Cx121E;1105×1109,1110x1111,1119x1319,111Bx1 21B,1200×1201,1203×1313,1208×120E,1211x1212,1300×1302,1304×130D,1312,20 10×2013,201A×211E,2105×2108,2112×2116,2118×2119,2208,220C×220;2300×230 3;230Bx230E,2312x231B,231D] si1icon大 103-C0:00:C0 28 dle t[C30D,2200×2216,2217×221D,2304×2309] hezhang up2-00:00:00 1 drain toc machang up2-00:00:00 32 alloc t[C006x0009,0015,0018x001E,011Ax011E,020Ax020E,1010x1014,1100×1104] mh zhang up2-00:00:0017id1et[0012x0014,1204x1207,2000×21C4] oWling u3-00:00:00 2 alloc t[C204×0205,1210,2015×2019,2109,2110×2111,23152319,231C,231E×231写] Ccsm up3-00:C0:00 2 drain t[0113/ 220A cCsm up3-00:C0:0028idle t[C016x0116,0102x01C5;0107×0118,0110x0210;0114x01150211x0212,0300x0302 ,0312x0313,031C,1112×1115,2207,2209] 命令的输出中,其中表小分区、表小节点数、表小节点列表表小节点运行状态,其中表小节点处于空闲状态可直接使用表示节点已经分配了一个或者多个作业。需要关注的是和两列。指示任务可提交到的分区命令主要参数见下表。 sinfo命令主要参数查看所有分区信息 dead 查看处于dead状态的详细信息 -long 查看分区详细信息 Node 查看节点信息 --partition=names> 查看指定分区信息 -state= 查看指定状态的节点

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