文件名称:
dna-modification-detection:寻找聚合酶停顿和修饰碱基之间是否存在相关性的研究项目-源码
开发工具:
文件大小: 63mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-25
详细说明：从SMRT序列识别碱基J
碱基J是在锥虫病中发现的一种糖基化核苷酸，锥虫病是单细胞寄生虫的一个家族，可引起昏睡病，南美锥虫病和利什曼病。 人们认为这种修饰的碱基在这些生物的转录终止中起重要作用。 当前分析Base J的方法仅依赖于anti-J免疫沉淀实验，该实验提供了与Base J位置有关的低分辨率信息。 SMRT-seq在测序过程中会产生辅助信息，该信息已显示出与碱基J的定位有关的信息。
我们探索诸如降维，机器学习和信号处理之类的分析方法，以确定哪些脉冲间持续时间（IPD）模式对应于整个利什曼原虫塔伦托雷基因组中Base J的证据。 我们提取IPD值和出现在IPD峰附近的碱基序列，并训练分类器以预测它们是否会出现在抗J免疫沉淀（ChIP）峰附近。
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