文件名称:
Chromatin_Analysis_2020_cell:壮实验室中染色质追踪项目的源代码和示例脚本-ce source code
开发工具:
文件大小: 35mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-25
详细说明：染色质_细胞2020分析
（ ）
代码存储库，用于分析使用顺序杂交或DNA-MERFISH获得的染色质成像数据
该存储库包含两个主要部分：
Combinatorial_tracing-包含用于分析使用DNA-MERFISH获得的基因组规模染色质示踪数据的代码和示例脚本，DNA-MERFISH是一种用于大规模复用FISH的组合成像方法。 代码分为不同的类别，每个类别包含在一个单独的子文件夹中。 这些子文件夹中的每个子文件夹都包含一个“功能”文件夹，其中所有功能和类均在.py文件中定义。 此外，它还包含Jupyter笔记本（.ipynb）文件，演示了这些功能的使用：
一种。 BarcodeGeneration-包含用于生成条形码并将其分配给感兴趣的基因组位点的代码和示例脚本
b。 ImageAnalysis-包含用于分析原始显微镜图像并获得每个个体细胞中基因组位点的一组3D位置的所有代
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