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PixelDistance:使用多通道显微镜图像,计算两个标记之间的最小距离。在这种情况下,通过测量肿瘤阳性像素与淋巴管标记物(LYVE-1)阳性像素之间的最小距离,来计算浸润性肿瘤细胞在淋巴结中的分布-源码
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文件大小: 19kb
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上传时间: 2021-03-21
详细说明:像素距离
使用多通道显微镜图像,计算两个标记之间的最小距离。在这种情况下,它通过测量肿瘤阳性像素与淋巴管标记(LYVE-1)阳性像素之间的最小距离,来计算浸润性肿瘤细胞在淋巴结中的分布。
main.py运行pixel_distance.py。
pixel_distance.py实际上执行肿瘤和lyve-1像素之间的最小距离的测量,并输出每个图像的结果。
PixDistStats.py执行统计并在所有按样本组分隔的数据上绘制图表。但是,这还不够,因为它没有分解成生物复制品,也没有进行标准化。请改用PixDistStats2.py + PixDistStats3.py。
PixDistStats2.py将数据分为生物学重复,而不是汇总每个样本组的所有数据,并进行绘图实验。
PixDistStats3.py从PixDistStats2获取数据,将其归一化为每只动物的总像素,进行统计比较
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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