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文件名称: mega-simple-microhap-snakeflow-源码
  所属分类: 其它
  开发工具:
  文件大小: 329kb
  下载次数: 0
  上传时间: 2021-03-21
  提 供 者: weixin_********
 详细说明:巨型-简单-微hap-snakeflow 该存储库保存了Snakefile和相关文件,这是Eric在为我们的微单倍型创建基于SnakeMake的工作流时的首次尝试(仍在构建中!)。 前进的道路 好的,经过大量的思考和尝试,这就是我要这样做的方式: 所有输入数据都将放在一个目录中,其中包含以下项目: samples.csv :样本列表 units.csv :单位文件。 raw/ :完整的配对的fastq文件的目录。 在配置文件中(或更可能在命令行中),我们指定此目录的路径(相对或绝对),将其称为run_dir 。 实际上,如果我们希望run_dir可以是列表,则可以允许它。在这种情况下,工作流将在多个目录上运行。实际上,那将是一个巨大的PITA,所以我不会那样做… 但是,我认为我将在工作流程中将run_dir指定为通配符,因为否则,我必须在一堆路径上重复使用format方法... sa
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