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文件大小: 133kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-20
详细说明：odp-牛津圆点图
该软件可在基因组装配中创建蛋白质同构的点状图。该软件在Simakov 的点状图上进行了可视化建模
该软件的运作方式：
使用菱形blastp查找相互最佳的蛋白质匹配。
计算每个基因组的 。
使用matplotlib绘制基因组装配图，最佳蛋白质命中数和Da / Db
要求
该软件可能最好在Unix环境中运行。所有开发都是在Ubuntu 18.04.4 LTS上进行的。
Python
您的活动python环境必须是 。此软件在实现。管道中必须在您的路径中可用的特定python软件包是：
snakemake
matplotlib
pandas
numpy
如果你有conda我建议conda install snakemake matplotlib pandas numpy ，如果你不知道你是否有所需的软件包。
其他软件
对这些程序的直接调用也必须在您的环境中可用。将来的od
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
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