文件名称:
single-cell-curation:策动cellxgene数据集的代码和文档-源码
开发工具:
文件大小: 291mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-20
详细说明：cellxgene策划工具
该存储库包含cellxgene的策展团队使用的文档和代码。与数据集有关的问题/建议以及它们与cellxgene的相互作用方式应在此处创建。
有关cellxgene及其门户网站的信息/问题，请参阅：
安装
此处提供的中央工具是一个CLI，用于使用数据集，以便可以将它们托管在。
它可以通过pip获得：
pip install cellxgene-schema
也可以通过克隆此存储库并运行从源代码进行安装：
make install
您可以使用以下命令运行测试：
make unit-test
快速开始
CLI使用yaml配置文件中定义的逻辑，使用cellxgene模式所需的本体术语来扩充（* .h5ad）。该yaml文件应指示架构插槽的值或原始值与相应架构插槽之间的映射。
yaml配置文件的示例如下所示：
obs:
assay_ontology_term
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
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