文件名称:
lpnet:通过线性编程构造基于树的环形网络-源码
开发工具:
文件大小: 70kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-19
详细说明：局域网
包裹
通过线性编程从距离矩阵构造圆形拆分网络的AR软件包。 lpnet软件包中的功能是
lpnet
read.nexus.distanceblock
read.nexus.taxablock
主要功能是lpnet 。 lpnet构造一个规划器网络，该规划器对距离矩阵进行循环排序，并为 [1]编写一个关系文件。首先使用不同的树构造方法（ neighbot-joining [4]，对称和非对称neighbornet tree ， UNJ [3]， BioNJ [2]） BioNJ距离neighbornet tree 。 UNJ使用线性规划（lp）更改圆订购。然后使用非负最小二乘法（nnls）计算由lp net排序组成的分割的权重。最后，返回LSfit，它是图中成对距离和矩阵成对距离之间最小二乘的平方。并编写一个带有分类单元块和splits块的nexus文件，以供查看循环网络。
函数
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