文件名称:
NAT-9:从bam文件中提取与面板重叠的读取和映射-源码
开发工具:
文件大小: 23kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-19
详细说明：NAT-9：从bam文件中提取与我们的面板重叠的读取和映射
该任务由脚本bin/filter_bam.py 。
用法：
filter_bam.py input_bam_file input_tsv_manifest_file output_directory \
-q/--ext_qual
假设input_bam_file是XXX/BAM_FILE.bam
该脚本读取输入的BAM文件的所有条目，并在名为BAM_FILE-filtered.bam output_directory中的BAM文件中输出BAM_FILE-filtered.bam与清单的至少一个扩增子重叠的所有条目。
该脚本还输出两个FASTQ文件（一个正向读取文件和一个反向读取文件，均在output_directory中，并且分别命名为BAM_FILE_L001_R1_001_annot
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