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文件大小: 362kb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-19
详细说明：OptDesign
OptDesgin（最佳网络设计）是一个软件平台，用于识别代谢工程设计的基因修饰策略，包括基因敲除和上/下调。它基于基因组规模的代谢模型（GSMM），并考虑了两步过程来确定最佳的操作组合。第一步实质上是通过找到最可能的监管目标来减少搜索空间。第二步将细胞和代谢工程师视为两个不同的年龄网络，在进行代谢游戏：代谢工程师试图最大程度地违反宿主细胞的意图，以避免过度生产用于稳态的生物化学物质。
入门
这些说明将为您提供在本地计算机上运行并运行的项目的副本，以进行开发和测试。
先决条件MATLAB2016b和更高版本的cobratoolbox（最新版本：3.0）或更高版本的Gurobi8.0（或包含LP和ILP求解器的其他软件包）
安装
1，直接从此存储库下载整个OptDesgin软件包，或使用
$ git clone --depth = 1 OptDesign
2，启动M
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)
下载文件列表
相关说明
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