文件名称:
GraphSite:深度图神经网络的蛋白质结合位点分类-源码
开发工具:
文件大小: 126mb
下载次数: 0
上传时间: 2021-03-19
详细说明：GraphSite
GraphSite是一款基于深度学习的软件，可对蛋白质上的配体结合位点进行分类。它通过Pytorch和Pytorch-geometric实现。在训练期间，将结合位点动态转换为包含空间和化学特征的图形。然后在绑定袋的图形表示上训练定制的图形神经网络（GNN）分类器。下图说明了从装订袋（A）到图形（B）的转换：
如果您在工作中使用此仓库，请引用我们的论文:)
Currently under peer review
数据集
该数据集由21,125个装订袋组成，这些装袋袋分为14类。有关类的详细信息，请参见。培训需要三个文件：
clusters.yaml ：训练数据，包含有关绑定站点的初始聚类信息的信息。训练之前，将多个集群合并为一个类。
dataset.tar.gz ：训练数据，包含该项目中的所有绑定站点数据。
pops.tar.gz ：训练数据，包含描述可访问表面
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